El manga de Fushigi Yûgi son 106 capítulos divididos en su versión original en 18 tomos. La historia se divide en dos partes. La primera va del los tomos 1 a 13 y la segunda, fruto de las peticiones de la editorial a la autora por continuar la serie, va de los tomos 14 a 18.

La serie fue publicada originalmente en la revista Sho-comi de la Shogakukan.

En Japón existen ahora mismo 3 ediciones del manga. Por un lado está la original en tankoubuns (tomos) que es la más antigua, de 1992 a 1996. Entre 2001 y 2002 sacaron una edición Kanzenban que volvía a recopilar la historia esta vez en 9 tomos con nuevas portadas en las que se ve que se ve fácilmente la gran evolución del dibujo de Yuu Watase. La última edición salió en el 2003 y es la Bunko de 10 tomos esta vez. En el caso de la bunko hay algunas portadas que sí tienen imágenes nuevas, pero la mayoría son antiguas.

La edición española del manga viene de la mano de Glénat. Sigue el mismo formato que la edición original japonesa en tankoubuns (tomos) aunque sus portadas son muy distintas. Además de esta versión española, Glénat ha sacado recientemente una edición con el formato de la edición Kanzenban pero sólo en catalán.